Многие жители провинции грезят переехать в столицу или хотя бы в большой город, подальше от своего захолустья. Они считают, что перед ними тут же гостеприимно откроются двери в новый, счастливый мир, и их жизнь моментально наладится. Таков и наш герой Тота Коноэ, юный и амбициозный парень, живущий в глухой деревне, в которой не происходит ровным счётом ничего. И, конечно, в погоне за мечтой стать именитым человеком в большом городе, Тота начинает доставать Юкихимэ - деревенского учителя, вырастившего Тоту, как своего родного сына.

Однако, Юкихимэ - не простой человек, он не только учитель в деревне, но и выдающийся волшебник. Поэтому Тота раз за разом бросает ему вызов, в надежде преуспеть. Но внезапно их мирным денькам пришёл конец. На деревню нагрянули охотники за головами, и теперь Тоте и Юкихимэ придётся позабыть о вечных спорах отцов и детей и объединиться, чтобы побороть незваное зло. Это аниме является продолжением событий, происходивших в первом сезоне "Волшебного учителя Нэгимы”.