Сериал берет новый старт там, где окончился первый сезон. Миновали летние каникулы, подходит к концу последний школьный год большинства основных героев. Томоя Окадзаки сделал выбор и теперь живет у своей девушки, Нагисы Фурукавы, семью которой до сих пор считает чудом – ведь это то, чего он был так долго лишен в детстве и юности. Поняв себя, Томоя открылся миру, и теперь вокруг него не только любимая и ее близкие, но и все, кому он помог, принес добро и подарил частичку счастья.

Главные герои познали искусство жить большой и дружной семьей, любить и помогать друг другу. А теперь их ждут новые испытания – ведь свет не бывает без тени, добро без зла, счастье без потерь. Если первый сезон «Кланнада» символизирует весну и расцвет новой жизни, то второй сезон говорит об осени, с ее пышной красотой и неизбежным увяданием, ибо так велит круговорот времен. Но в совместных творениях Key и Kyoto Animation с каждым годом все сильнее звучит простой мотив: магия веры, дружбы и любви может одолеть боль утрат и повернуть вспять само время!