Корабль-мир «Сидония» бороздит Вселенную в поисках нового дома для человечества. Чудовищные пришельцы-Гауна, погнавшие землян в путь, преследуют корабль и в глубоком космосе. Рыцари-пилоты, управляющие роботами-Стражами, пока что защищают корабль от прямых угроз, но медленно проигрывают войну. Нагатэ Таникадзэ, когда-то изгой с заброшенных уровней, а теперь один из лучших пилотов, тоже это понимает, потому что боевые товарищи погибают один за другим, а на любые технические новшества враг тут же находит ответ.

В отчаянной попытке что-то изменить группа военных и ученых обращается к полузабытым знаниям и создает химеру с личностью человека и телом Гауна. Существо, получившее имя Цумуги, на самом деле помогает в битвах, но тут вмешивается Совет Корабля, озабоченный только собственной властью и не терпящий ни от кого самостоятельных действий. Сможет ли капитан Кобаяси железной рукой преодолеть наступивший кризис? Выживут ли Нагатэ и его подруга Идзана в грядущих боях? Найдут ли земляне новый дом в системе Лем? Ответы даст новая часть звездной саги!