После Второй мировой войны союзники создали в Японии особое агентство для борьбы с терроризмом и насилием в Тихоокеанском регионе. Для решения своих задач это агентство стало нанимать профессиональных убийц - ниндзя, которые изначально были призваны следить за безопасностью в государстве. Спустя десятилетия организация разрослась до невероятных размеров: сейчас под её началом работает целых двадцать тысяч натренированных ниндзя, которые участвуют как во внутренних, так и во внешних делах страны. В их ряды попадает и наш герой - семнадцатилетний парень по имени Куро, которому теперь предстоит стать последней линией обороны против потенциального удара иностранных убийц, проникнувших на улицы в Токио. Звучит круто, но есть одно "но": Куро - всего лишь старшеклассник, да ещё и, к тому же, неудачник.