15 июля 2043 года в продажу поступила игра с полным погружением — Infinite Dendrogram. Уникальная система Embryo позволяла её игрокам следовать по всевозможному — нет, по бесконечному — количеству паттернов развития. До сих пор осуществление подобного считалось технически невозможным в VRMMO, поэтому появление Infinite Dendrogram стало событием мирового значения.

Два года спустя, успешно сдав вступительные экзамены в Токийский университет, Рэйдзи Мукудори начинает одинокую жизнь в большом городе. Чтобы отметить долгожданное окончание длительной и тяжёлой подготовки к экзаменам, он наконец погружается в мир Infinite Dendrogram, куда его давно уже приглашал старший брат Сюити.